כאמור, במקורה כללה המילה היהודית חיתוך חלקי של קצה העורלה בלבד. כיום מבוצעת הסרה מלאה של העורלה כולה. הליך זה כולל ארבעה שלבים עיקריים: הפרדה, חיתוך, פריעה ומציצה.
הפרדה
עור העורלה צמוד באופן טבעי לעטרה ומגן עליה (כפי שציפורן צמודה לאצבע). העור נפרד באופן טבעי מהפין בשנות חייו הראשונות של הפעוט (ולעתים רק לקראת גיל ההתבגרות). מילה בגיל ינקות מחייבת הפרדה של העור מהעטרה באמצעי מכני. בשלב זה משחיל המוהל חפץ חד לפתח העורלה ופושט את עור העורלה מאיבר המין בתנועה סיבובית. להמחשת הפעולה על איבר מוכר, נסו לדמיין החדרה של סכין שטוחה מתחת לציפורן, וסיבוב מלא שלה סביב הציפורן לצורך ניתוקה מהבשר.
חיתוך
השלב השני כולל משיכה של העור כלפי חוץ וחיתוך שלו.
פריעה
הפריעה היא השלב שבו המוהל חושף את בשר העטרה. מבחינה הלכתית, זהו שלב הכרחי בברית המילה. באופן מסורתי נעשית הפריעה באמצעות ציפורן ארוכה וחדה שהמוהלים מגדלים במיוחד עבור מטרה זו. מקצת המוהלים מבצעים פעולה זו באמצעות כלי יעודי.
מציצה
השלב האחרון של המילה, המציצה, היא מציצה פיזית באמצעות פיו של המוהל המוצץ דם טרי מאיבר מינו של התינוק. מאמינים אדוקים מקפידים על קיום מצווה זו באמצעות מגע פיזי ישיר בין פיו של המוהל לאיבר מינו המדמם של התינוק, אולם זרמים מתונים יותר מעדיפים כיום לקיים מצווה זו באמצעי סטרילי המפריד ביניהם.
הליך זה (כאשר מבוצע באופן ישיר) חושף הן את המוהל והן את התינוק לסיכוני זיהום קשים ולמחלות מדבקות שונות (בהן הרפס, צהבת נגיפית, איידס ועוד). מעת לעת מדווח על מוות של תינוקות רכים עקב זיהומים כאלה.